En aquest mòdul hem donat una breu pinzellada als Workflow Managers i en especial a Nextflow. Per augmentar el control dels entorns en els quals es computen les anàlisis és imprescindible utilitzar Workflow Managers, i, a poder ser, conjuntament amb entorns tipus Conda o contenidors, com hem vist en capítols anteriors. La utilització d’aquest tipus d’eines permet la portabilitat a qualsevol entorn de computació i la implementació de pipelines generats per altres grups d’una manera àgil i senzilla. La modularització dels processos permet que la seva actualització pugui ser dinàmica i que la introducció de codi generat per altres programadors no interfereixi en altres parts del procés. La versatilitat d’opcions dels Workflow Managers permet un control precís de tot el procés, de vegades en detriment de la seva corba d’aprenentatge. La diversitat de Workflow Managers que actualment tenim permet poder escollir l’ecosistema en què ens trobem més confortables, variant des d’entorns molt visuals tipus Galaxy a altres enterament programàtics. És important arribar a un compromís entre l’aprenentatge necessari per entendre el funcionament d’un workflow específic i les eines que ens permet controlar. Finalment, a l’hora de triar el vostre Workflow Manager s’ha de tenir en compte la potencial interoperabilitat. En entorns col·laboratius és imprescindible la reproductibilitat de processos i la compartició de codi per poder seguir els principis FAIR de les dades.