{"id":193,"date":"2023-10-10T12:41:13","date_gmt":"2023-10-10T10:41:13","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/?page_id=193"},"modified":"2025-07-26T15:40:53","modified_gmt":"2025-07-26T13:40:53","slug":"2-7-configuracio","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/2-7-configuracio\/","title":{"rendered":"2.7. Configuraci\u00f3"},"content":{"rendered":"

Finalment tractarem els arxius de configuraci\u00f3 de Nextflow. Aquests arxius s\u00f3n rellevants per poder migrar els scripts<\/em> entre entorns de computaci\u00f3 i per al control dels recursos a utilitzar.<\/p>\n

Podem trobar diversos arxius de configuraci\u00f3 i alguns poden entrar en conflicte entre ells. Per aix\u00f2 Nextflow t\u00e9 una prioritzaci\u00f3:<\/p>\n

    \n
  1. Par\u00e0metres especificats a la l\u00ednia d\u2019ordres.<\/li>\n
  2. Par\u00e0metres procedents de l\u2019arxiu especificat mitjan\u00e7ant l\u2019opci\u00f3 -params-file.<\/li>\n
  3. Arxiu de configuraci\u00f3 especificat mitjan\u00e7ant l\u2019opci\u00f3 -c my_config.<\/li>\n
  4. Arxiu de configuraci\u00f3 nexflow.config en el directori de treball.<\/li>\n
  5. Arxiu de configuraci\u00f3 nexflow.config en el directori del projecte de workflow<\/em>.<\/li>\n
  6. Par\u00e0metres definits en el mateix script<\/em> de Nextflow.<\/li>\n<\/ol>\n

    Si un par\u00e0metre es troba en m\u00e9s d\u2019una d\u2019aquestes fonts, Nextflow fa servir la primera font com a refer\u00e8ncia i no fa servir les subseg\u00fcents.<\/p>\n

    L\u2019arxiu consta de parelles nom = valor<\/p>\n

    process.memory = '10G'<\/pre>\n
    Un arxiu de configuraci\u00f3 es pot incloure en un altre. Per exemple:<\/p>\n
    includeConfig 'path\/foo.config'<\/pre>\n
    La instrucci\u00f3 includeConfig<\/code> busca l\u2019arxiu de par\u00e0metres i els inclou com a propis.<\/p>\n
    Els par\u00e0metres de configuraci\u00f3 es poden especificar en el que s\u2019anomenen scopes<\/em>. S\u00f3n par\u00e0metres que afecten espec\u00edficament un tipus de configuraci\u00f3. Hi ha diversos scopes<\/em> de configuraci\u00f3, els m\u00e9s habituals dels quals s\u00f3n:<\/p>\n
      \n
    • aws<\/em>: Amazon S3.<\/li>\n
    • conda<\/em>: entorns Conda.<\/li>\n
    • docker<\/em>: contenidors Docker.<\/li>\n
    • k8s<\/em>: cl\u00faster de Kubernetes.<\/li>\n<\/ul>\n
      Per habilitar la utilitzaci\u00f3 d\u2019una imatge Docker, per exemple, es podria introduir al nextflow.config:<\/p>\n
      docker.enabled = true<\/pre>\n
      o es podria especificar directament a la l\u00ednia d\u2019ordres:<\/p>\n
      nextflow run <script> -with-docker [imatge Docker]<\/pre>\n
      Tamb\u00e9 \u00e9s possible especificar una imatge Docker per a un proc\u00e9s determinat:<\/p>\n
      process one {\r\n\r\n\u00a0 container 'nom_imatge_1'\r\n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n\u00a0 execuci\u00f3\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n}\r\n\r\n\r\nprocess two {\r\n\r\n\u00a0 container 'nom_imatge_2'\r\n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n\u00a0execuci\u00f3\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n}<\/pre>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
      Finalment tractarem els arxius de configuraci\u00f3 de Nextflow. Aquests arxius s\u00f3n rellevants per poder migrar els scripts entre entorns de computaci\u00f3 i per al control dels recursos a utilitzar. Podem trobar diversos arxius de configuraci\u00f3 i alguns poden entrar en conflicte entre ells. Per aix\u00f2 Nextflow t\u00e9 una prioritzaci\u00f3: Par\u00e0metres especificats a la l\u00ednia d\u2019ordres. […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/193"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=193"}],"version-history":[{"count":9,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/193\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":311,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/193\/revisions\/311"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=193"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}