{"id":159,"date":"2023-10-10T11:52:27","date_gmt":"2023-10-10T09:52:27","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/?page_id=159"},"modified":"2023-10-16T08:58:25","modified_gmt":"2023-10-16T06:58:25","slug":"1-diferents-tipus-de-workflows","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/1-diferents-tipus-de-workflows\/","title":{"rendered":"1. Diferents tipus de <em>workflows<\/em>"},"content":{"rendered":"<p>La implementaci\u00f3 d\u2019un<em> pipeline<\/em> en un Workflow Manager requereix la definici\u00f3 precisa d\u2019on s\u2019extreuen les dades inicials (<em>input<\/em>), quin \u00e9s el flux entre les diferents eines i quin \u00e9s el resultat final (<em>output<\/em>). Per poder estructurar els diferents par\u00e0metres s\u2019utilitzen llenguatges de domini espec\u00edfic (DSL). La utilitzaci\u00f3 de DSL augmenta la portabilitat i l\u2019escalabilitat. Nextflow i Snakemake s\u00f3n dos dels exemples m\u00e9s populars de<em> workflows<\/em> que fan servir DSL propis en l\u2019\u00e0mbit de la bioinform\u00e0tica. La diversitat de DSL amb la seva pr\u00f2pia estructuraci\u00f3 i nomenclatura propicia la reducci\u00f3 d\u2019interoperabilitat entre els diferents <em>workflows<\/em>. Per mitigar aquesta disparitat s\u2019han creat unes especificacions que afegeixen un nivell m\u00e9s gran d\u2019abstracci\u00f3, permetent un marc com\u00fa entre els diferents <em>workflows<\/em>. Exemples d\u2019especificacions per a <em>workflows<\/em> s\u00f3n el Common Workflow Language (CWL) i Workflow Description Language (WDL). CWL prioritza la portabilitat i la reproductibilitat, mentre que WDL t\u00e9 com a principal objectiu reduir la corba d\u2019aprenentatge mitjan\u00e7ant un llenguatge m\u00e9s comprensible. CWL defineix els <em>pipelines <\/em>usant fitxers YAML, mentre que WDL utilitza els seus propis fitxers descriptius. Alguns Workflow Managers, com <em>cwltool<\/em> o Cromwell, s\u2019han creat basant-se en aquestes especificacions, mentre que d\u2019altres com Snakemake implementen opcions d\u2019exportaci\u00f3 a aquestes especificacions.<\/p>\n<p>La utilitzaci\u00f3 de Workflow Managers per a la creaci\u00f3 de <em>pipelines<\/em> bioinform\u00e0tics est\u00e0 creixent en popularitat. Diferents <em>workflows<\/em> estan disponibles per a la comunitat variant en la seva flexibilitat i facilitat d\u2019\u00fas (<a href=\"https:\/\/github.com\/pditommaso\/awesome-pipeline\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/github.com\/pditommaso\/awesome-pipeline<\/a>). Mentre que alguns <em>workflows<\/em> necessiten un coneixement avan\u00e7at de programaci\u00f3, d\u2019altres com Galaxy, KNIME o BioWorkflow implementen una interf\u00edcie gr\u00e0fica per facilitar la seva utilitzaci\u00f3. Tot i que el desenvolupament de sistemes de <em>workflow<\/em> es va iniciar a principis dels anys noranta, ha estat la capacitat de c\u00f3rrer <em>pipeline<\/em>s en cl\u00fasters de computaci\u00f3 o al n\u00favol el que ha facilitat el seu \u00fas m\u00e9s generalitzat.<\/p>\n<p><strong>\u00a0<\/strong><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La implementaci\u00f3 d\u2019un pipeline en un Workflow Manager requereix la definici\u00f3 precisa d\u2019on s\u2019extreuen les dades inicials (input), quin \u00e9s el flux entre les diferents eines i quin \u00e9s el resultat final (output). Per poder estructurar els diferents par\u00e0metres s\u2019utilitzen llenguatges de domini espec\u00edfic (DSL). La utilitzaci\u00f3 de DSL augmenta la portabilitat i l\u2019escalabilitat. Nextflow [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/159"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=159"}],"version-history":[{"count":5,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/159\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":224,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/159\/revisions\/224"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=159"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}