{"id":119,"date":"2023-09-02T16:16:20","date_gmt":"2023-09-02T14:16:20","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/?page_id=119"},"modified":"2025-03-09T13:57:02","modified_gmt":"2025-03-09T11:57:02","slug":"2-8-nf-core","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/2-8-nf-core\/","title":{"rendered":"2.8. <em>nf-core<\/em>"},"content":{"rendered":"<p>Como otras iniciativas que ya hemos tratado anteriormente, Nextflow tambi\u00e9n tiene un repositorio de <em>workflows<\/em> para poder ser ejecutados. Este conjunto de <em>pipelines<\/em> se agrupa en el proyecto <em>nf-core<\/em> (<a href=\"https:\/\/nf-co.re\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/nf-co.re\/<\/a>). Para poder trabajar directamente desde el terminal se ha generado el paquete <em>nf-core tools<\/em> para poder gestionar los distintos <em>workflows<\/em> accesibles en <em>nf-core. nf-core tools<\/em> est\u00e1 escrito en Python y se puede instalar desde la siguiente direcci\u00f3n: <a href=\"https:\/\/nf-co.re\/tools\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/nf-co.re\/tools<\/a>.<\/p>\n<p>Para poder ver los distintos paquetes simplemente se puede hacer un listado:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"bash\" data-enlighter-theme=\"mowtwo\">$ nf-core list<\/pre>\n<p>Muchas veces necesitamos ser m\u00e1s espec\u00edficos en nuestra b\u00fasqueda y por ello podemos filtrar:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"bash\" data-enlighter-theme=\"mowtwo\">$ nf-core list rna<\/pre>\n<p>O inclusive ordenar por estrellas:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">nf-core list rna --sort stars<\/pre>\n<p>Cada repositorio tiene su propia p\u00e1gina con instrucciones y documentaci\u00f3n. La utilizaci\u00f3n de estos repositorios p\u00fablicos permite un aprendizaje m\u00e1s r\u00e1pido de las herramientas de Nextflow en el contexto espec\u00edfico de la bioinform\u00e1tica. Igualmente, <em>nf-core<\/em> tambi\u00e9n proporciona un canal directo de preguntas mediante una cuenta en Slack (<a href=\"https:\/\/nf-co.re\/join\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/nf-co.re\/join<\/a>).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Como otras iniciativas que ya hemos tratado anteriormente, Nextflow tambi\u00e9n tiene un repositorio de workflows para poder ser ejecutados. Este conjunto de pipelines se agrupa en el proyecto nf-core (https:\/\/nf-co.re\/). Para poder trabajar directamente desde el terminal se ha generado el paquete nf-core tools para poder gestionar los distintos workflows accesibles en nf-core. nf-core tools [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/119"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=119"}],"version-history":[{"count":7,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/119\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":304,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/119\/revisions\/304"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=119"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}