{"id":115,"date":"2023-09-02T16:14:36","date_gmt":"2023-09-02T14:14:36","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/?page_id=115"},"modified":"2025-07-26T15:41:32","modified_gmt":"2025-07-26T13:41:32","slug":"2-7-configuracion","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/workflows\/es\/2-7-configuracion\/","title":{"rendered":"2.7. Configuraci\u00f3n"},"content":{"rendered":"<p>Finalmente trataremos los archivos de configuraci\u00f3n de Netxflow. Estos archivos son relevantes para poder migrar los <em>scripts<\/em> entre entornos de computaci\u00f3n y para el control de los recursos a utilizar.<\/p>\n<p>Podemos encontrar diversos archivos de configuraci\u00f3n y algunos pueden entrar en conflicto entre ellos. Por ello Nextflow tiene una priorizaci\u00f3n:<\/p>\n<ol>\n<li>Par\u00e1metros especificados en la l\u00ednea de comandos.<\/li>\n<li>Par\u00e1metros procedentes del archivo especificado mediante la opci\u00f3n -params-file.<\/li>\n<li>Archivo de configuraci\u00f3n especificado mediante la opci\u00f3n -c my_config.<\/li>\n<li>Archivo de configuraci\u00f3n nexflow.config en el directorio de trabajo.<\/li>\n<li>Archivo de configuraci\u00f3n nexflow.config en el directorio del proyecto de <em>workflow<\/em>.<\/li>\n<li>Par\u00e1metros definidos en el mismo <em>script<\/em> de Nextflow.<\/li>\n<\/ol>\n<p>Si un par\u00e1metro est\u00e1 en m\u00e1s de una de estas fuentes, Nextflow utiliza la primera fuente como referencia y no utiliza las subsiguientes.<\/p>\n<p>El archivo consta de parejas nombre = valor<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">process.memory = '10G'<\/pre>\n<p>Un archivo de configuraci\u00f3n puede incluirse en otro. Por ejemplo:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">includeConfig 'path\/foo.config'<\/pre>\n<p>La instrucci\u00f3n <code>includeConfig<\/code> busca el archivo de par\u00e1metros y los incluye como propios.<\/p>\n<p>Los par\u00e1metros de configuraci\u00f3n se pueden especificar en lo que se denominan <em>scopes<\/em>. Son par\u00e1metros que afectan espec\u00edficamente a un tipo de configuraci\u00f3n. Hay varios <em>scopes<\/em> de configuraci\u00f3n, los m\u00e1s habituales de los cuales son:<\/p>\n<ul>\n<li><em>aws<\/em>: Amazon S3.<\/li>\n<li><em>conda<\/em>: entornos Conda.<\/li>\n<li><em>docker<\/em>: contenedores Docker.<\/li>\n<li><em>k8s<\/em>: cl\u00faster de Kubernetes.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Para habilitar la utilizaci\u00f3n de una imagen Docker, por ejemplo, se podr\u00eda introducir en el nextflow.config:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">docker.enabled = true<\/pre>\n<p>o se podr\u00eda especificar directamente en la l\u00ednea de comandos:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">nextflow run &lt;script&gt; -with-docker [imagen Docker]<\/pre>\n<p>Tambi\u00e9n es posible especificar una imagen Docker para un proceso determinado:<\/p>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">process one {\r\n\r\n\u00a0 container 'nombre_imagen_1'\r\n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n\u00a0 ejecuci\u00f3n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n}\r\n\r\n\r\nprocess two {\r\n\r\n\u00a0 container 'nombre_imagen_2'\r\n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n\u00a0ejecuci\u00f3n\r\n\r\n\u00a0 '''\r\n\r\n}<\/pre>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Finalmente trataremos los archivos de configuraci\u00f3n de Netxflow. 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