En este módulo hemos dado una breve pincelada a los Workflow Managers y en especial a Nextflow. Para aumentar el control de los entornos en los cuales se computan los análisis es imprescindible utilizar Workflow Managers, y a poder ser, conjuntamente con entornos tipo Conda o contenedores, como hemos visto en capítulos anteriores. La utilización de este tipo de herramientas permite la portabilidad a cualquier entorno de computación y la implementación de pipelines generados por otros grupos de una manera ágil y sencilla. La modularización de los procesos permite que su actualización pueda ser dinámica y que la introducción de código generado por otros programadores no interfiera en otras partes del proceso. La versatilidad de opciones de los Workflow Managers permite un control preciso de todo el proceso, a veces en detrimento de su curva de aprendizaje. La diversidad de Workflow Managers que actualmente tenemos permite poder escoger el ecosistema en que nos encontremos más confortables, variando desde entornos muy visuales tipo Galaxy a otros enteramente programáticos. Es importante llegar a un compromiso entre el aprendizaje necesario para entender el funcionamiento de un workflow específico y las herramientas que este nos permite controlar. Finalmente, a la hora de escoger vuestro Workflow Manager se debe tener en cuenta la potencial interoperabilidad. En entornos colaborativos es imprescindible la reproducibilidad de procesos y la compartición de código para poder seguir los principios FAIR de los datos.