2.8. nf-core
Como otras iniciativas que ya hemos tratado anteriormente, Nextflow también tiene un repositorio de workflows para poder ser ejecutados. Este conjunto de pipelines se agrupa en el proyecto nf-core (https://nf-co.re/). Para poder trabajar directamente desde el terminal se ha generado el paquete nf-core tools para poder gestionar los distintos workflows accesibles en nf-core. nf-core tools está escrito en Python y se puede instalar desde la siguiente dirección: https://nf-co.re/tools.
Para poder ver los distintos paquetes simplemente se puede hacer un listado:
$ nf-core list
Muchas veces necesitamos ser más específicos en nuestra búsqueda y por ello podemos filtrar:
$ nf-core list rna
O inclusive ordenar por estrellas:
nf-core list rna --sort stars
Cada repositorio tiene su propia página con instrucciones y documentación. La utilización de estos repositorios públicos permite un aprendizaje más rápido de las herramientas de Nextflow en el contexto específico de la bioinformática. Igualmente, nf-core también proporciona un canal directo de preguntas mediante una cuenta en Slack (https://nf-co.re/join).