2. Nextflow

2.1. Introducción

Como ejemplo de Workflow Manager en esta sección utilizaremos uno de los programas más extendidos con una comunidad creciente y con mayor soporte como es Nextflow.

En primer lugar, debemos instalar Nextflow siguiendo las instrucciones directamente de su página web (https://www.nextflow.io/).

Nextflow combina tres elementos: un entorno de ejecución, un programa específico para lanzar otros programas y un DSL específico. La estrategia que implementa Nextflow en la creación de pipelines es la de crear módulos para cada paso en el pipeline y vehicularlos e interconectarlos a través de canales. Una de las características más importantes de Nextflow es la reutilización de estos módulos para distintos estadios de un mismo pipeline o entre distintos pipelines. La ejecución de los distintos módulos no es lineal, sino que depende de la disponibilidad de los inputs para ejecutarse. Si dos módulos independientes requieren los mismos inputs o inputs independientes se pueden ejecutar simultáneamente para después poder converger en otro posteriormente si se requiere.