{"id":799,"date":"2023-10-19T12:23:10","date_gmt":"2023-10-19T10:23:10","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=799"},"modified":"2025-02-11T00:50:48","modified_gmt":"2025-02-10T22:50:48","slug":"activitats","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/activitats\/","title":{"rendered":"Activitats"},"content":{"rendered":"<ol>\n<li>Realitzeu la instal\u00b7laci\u00f3 de la versi\u00f3 m\u00e9s recent d\u2019Ubuntu MATE dins d\u2019una m\u00e0quina virtual d\u2019Oracle VirtualBox. Per a aix\u00f2, primer haur\u00edeu d\u2019obtenir una imatge ISO d\u2019Ubuntu MATE. Posteriorment, cal crear una m\u00e0quina virtual buida, inserir la imatge ISO d\u2019Ubuntu i executar la instal\u00b7laci\u00f3. Podeu emprar un administrador de la gesti\u00f3 de paquets de <em>software <\/em>per configurar el sistema final resultant.<\/li>\n<li>Esbrineu les funcions que realitza l\u2019ordre <code>fold<\/code> del terminal. Analitzeu les opcions disponibles per a aquesta ordre. Despr\u00e9s, dissenyeu un petit <em>script <\/em>que combini <em>gawk<\/em> amb l\u2019ordre <code>fold<\/code> per calcular la freq\u00fc\u00e8ncia d\u2019aparici\u00f3 absoluta i relativa de cada classe de nucle\u00f2tid en una seq\u00fc\u00e8ncia gen\u00f2mica emmagatzemada en un fitxer de text guardat en format FASTA. Avalueu el funcionament del vostre protocol sobre diverses seq\u00fc\u00e8ncies d\u2019ADN.<\/li>\n<li>Esbrineu les funcions realitzades per <em>Bioawk<\/em>. Determineu quina \u00e9s l\u2019ordre origen d\u2019aquesta extensi\u00f3, els formats de dades biol\u00f2giques que suporta i si \u00e9s possible treballar amb fitxers comprimits amb <em>gzip<\/em> o amb altres ordres compressores.<\/li>\n<li>Estudieu l\u2019ordre <code>sedl<\/code>. Per provar la seva efic\u00e0cia, graveu un full d\u2019estil de <em>MicrosoftExcel <\/em>en format text (seleccioneu el tabulador com a separador de camps). Un cop a Gnu\/Linux, verifiqueu amb l\u2019ordre <code>od<\/code> que aquest format propietari efectivament introdueix com a salt de l\u00ednia els car\u00e0cters <code>\\r<\/code> i <code>\\n<\/code>. Finalment, empreu l\u2019ordre per \u00fanicament mantenir el car\u00e0cter <code>\\n<\/code> (el terminal treballa en aquest format).<\/li>\n<li>Dissenyeu un <em>script <\/em>en el terminal que us permeti realitzar l\u2019an\u00e0lisi completa d\u2019una s\u00e8rie de fitxers de la classe refGene.txt emmagatzemats en un directori. Cada fitxer ha de contenir en el seu propi nom l\u2019organisme al qual pertany per evitar noms de fitxers duplicats (p.e. <code>refGene_human.txt<\/code>). Per a cada genoma podeu realitzar les mateixes preguntes mostrades en el cas d\u2019estudi dels materials te\u00f2rics.<\/li>\n<li>A continuaci\u00f3, us subministrem un arxiu FASTA i heu de contestar a les seg\u00fcents preguntes. El separador entre les dues columnes \u00e9s el <code>\\t<\/code><\/li>\n<\/ol>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"bash\" data-enlighter-theme=\"mowtwo\">$ cat hib.fasta<\/pre>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"raw\" data-enlighter-theme=\"droide\">HiB_C1\u00a0\u00a0\u00a0 TGTTTGTTGTCACTGACTGATGTTGTGGTCTGG\r\n\r\nHiB_C2\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATTACTT\r\n\r\nHiB_C3\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATAACTTATA\r\n\r\nHiB_C4\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATAACTTATA\r\n\r\nHiB_C5\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATTACTT<\/pre>\n<ul>\n<li>Imprimiu la l\u00ednia que coincideix amb el patr\u00f3 <code>HiB_C4<\/code>.<\/li>\n<li>Imprimiu la columna 1, un punt i coma, i la columna 2.<\/li>\n<li>Utilitzeu el concepte d\u2019un operador condicional en la declaraci\u00f3 d\u2019impressi\u00f3 de la forma <em>print <\/em><strong>CONDITION ? PRINT_IF_TRUE_TEXT : PRINT_IF_FALSE_TEXT<\/strong> per identificar les seq\u00fc\u00e8ncies amb longituds &gt; 14.<\/li>\n<li>Intenteu realitzar el seg\u00fcent exercici. Qu\u00e8 \u00e9s el que passa?<\/li>\n<\/ul>\n<p>Es pot fer servir e1 despr\u00e9s de l\u2019\u00faltim bloc {} per imprimir-ho tot (1 \u00e9s una notaci\u00f3 abreujada per a {print $0} que es converteix en {print}, ja que, sense cap argument, <em>print<\/em> imprimir\u00e0 $0 per defecte), i dins d\u2019aquest bloc, podem canviar $0, per exemple, per assignar el primer camp a $0 per a la segona l\u00ednia (NR==2).<\/p>\n<ul>\n<li>Utilitzeu l\u2019ordre <code>getline<\/code> per carregar el contingut d\u2019un altre arxiu a m\u00e9s del que esteu llegint. Intenteu, amb el bucle <em>while<\/em>, carregar cada l\u00ednia del fitxer <em>fasta<\/em> en una variable: la <em>b<\/em>, per exemple.<\/li>\n<\/ul>\n<ol start=\"7\">\n<li>Contesteu les seg\u00fcents preguntes despr\u00e9s de descarregar-vos el seg\u00fcent fitxer: <a href=\"https:\/\/ftp.ncbi.nlm.nih.gov\/genomes\/ASSEMBLY_REPORTS\/assembly_summary_refseq.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/ftp.ncbi.nlm.nih.gov\/genomes\/ASSEMBLY_REPORTS\/assembly_summary_refseq.txt<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<ul>\n<li>Els valors \u00fanics de la variable categ\u00f2rica <em>assembly<\/em>_<em>level<\/em> es troben indicats a la columna #12, la qual mostra l\u2019estat de l\u2019<em>ensamble<\/em>. Quins s\u00f3n?<\/li>\n<li>Determineu el nombre de genomes per esp\u00e8cie, que es troba a la columna #8. Despr\u00e9s, mostreu \u00fanicament les 10 esp\u00e8cies amb la major quantitat de genomes seq\u00fcenciats.<\/li>\n<li>Quants genomes complets hi ha del g\u00e8nere <em>Mycobacterium<\/em>?<\/li>\n<li>Compteu els genomes de <em>Salmonella<\/em>, <em>Pseudomonas<\/em> i <em>Acinetobacter<\/em> (per g\u00e8nere) i presenteu la llista ordenada per nombre decreixent de genomes.<\/li>\n<li>Determineu la longitud d\u2019una cadena. Per qu\u00e8 aquestes dues ordres donen diferent informaci\u00f3?<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"bash\" data-enlighter-theme=\"mowtwo\">$ echo 'atattttGAATTtattGAATCAGGACC' | wc -c<\/pre>\n<pre class=\"EnlighterJSRAW\" data-enlighter-language=\"bash\" data-enlighter-theme=\"mowtwo\">$ echo 'atattttGAATTtattGAATCAGGACC' | awk 'END{print \"El oligonucle\u00f3tido\", $0, \"tiene\" lenght($0), \"nucle\u00f3tidos de longitud\"}'<\/pre>\n<ol start=\"8\">\n<li>Trieu diversos fitxers que continguin seq\u00fc\u00e8ncies FASTA.<\/li>\n<\/ol>\n<ul>\n<li>El nombre de seq\u00fc\u00e8ncies per a un fitxer (<em>awk<\/em>, autoincrement).<\/li>\n<li>Amb un bucle determineu el nombre de seq\u00fc\u00e8ncies per a tots els fitxers (<em>for and<\/em>, <em>awk<\/em>, autoincrement).<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Realitzeu la instal\u00b7laci\u00f3 de la versi\u00f3 m\u00e9s recent d\u2019Ubuntu MATE dins d\u2019una m\u00e0quina virtual d\u2019Oracle VirtualBox. Per a aix\u00f2, primer haur\u00edeu d\u2019obtenir una imatge ISO d\u2019Ubuntu MATE. Posteriorment, cal crear una m\u00e0quina virtual buida, inserir la imatge ISO d\u2019Ubuntu i executar la instal\u00b7laci\u00f3. Podeu emprar un administrador de la gesti\u00f3 de paquets de software per [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/799"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=799"}],"version-history":[{"count":6,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/799\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1268,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/799\/revisions\/1268"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=799"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}