{"id":684,"date":"2023-10-18T11:53:52","date_gmt":"2023-10-18T09:53:52","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=684"},"modified":"2023-10-18T11:53:52","modified_gmt":"2023-10-18T09:53:52","slug":"1-11-1-introduccio","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/1-11-1-introduccio\/","title":{"rendered":"1.11.1. Introducci\u00f3"},"content":{"rendered":"<p>Quan es treballa amb dades bioinform\u00e0tiques, \u00e9s com\u00fa trobar fitxers de text organitzats en format tabular, la qual cosa implica que la informaci\u00f3 es distribueix en una matriu de files i columnes delimitades per espais o car\u00e0cters tabuladors. Cada l\u00ednia representa un registre, mentre que cada columna cont\u00e9 valors espec\u00edfics dels atributs que el caracteritzen. Aquesta estructura de camps facilita la realitzaci\u00f3 de c\u00e0lculs sistem\u00e0tics sobre el contingut del fitxer en q\u00fcesti\u00f3.<\/p>\n<p>Generalment, en treballar amb fitxers tabulats en l\u2019an\u00e0lisi bioinform\u00e0tica, s\u2019adopta com a unitat elemental de treball la l\u00ednia o registre. Sota aquest paradigma, es poden realitzar diversos tipus d\u2019operacions, com buscar i separar del fitxer les l\u00ednies que contenen un patr\u00f3 de text determinat, alterar l\u2019ordre de les l\u00ednies segons els valors d\u2019algun dels atributs o filtrar registres duplicats. En certes circumst\u00e0ncies, fins i tot \u00e9s possible identificar aquells registres de dos fitxers de text diferents que posseeixen el mateix valor per a un determinat atribut.<\/p>\n<p>Aquestes operacions aplicades sobre els fitxers d\u2019anotacions s\u00f3n \u00fatils en l\u2019an\u00e0lisi bioinform\u00e0tica per dur a terme f\u00e0cilment el recompte de diferents caracter\u00edstiques biol\u00f2giques, com els gens codificats a l\u2019interior dels genomes. A la taula 9 es descriuen les ordres m\u00e9s \u00fatils per buscar i ordenar fitxers, aix\u00ed com associar-se entre ells.<\/p>\n<div class=\"tabletitle\"><p>Taula 9. Descripci\u00f3 d\u2019ordres.<\/p>\n<\/div>\n<table>\n<tbody>\n<tr class=\"table-header\">\n<td width=\"102\"><strong>Ordre<\/strong><\/td>\n<td width=\"500\"><strong>Descripci\u00f3<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>grep<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Busca l\u00ednies que coincideixin amb una expressi\u00f3 regular<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>cut<\/code><\/td>\n<td width=\"500\"><code>cut<\/code> \u00e9s un programa \u00fatil si el contingut est\u00e0 separat en camps (columnes) i nom\u00e9s es volen obtenir certs camps<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>sort<\/code><\/td>\n<td width=\"500\"><code>sort<\/code> ordenar\u00e0 la seva entrada, de manera simple i senzilla. Per defecte, ordenar\u00e0 alfab\u00e8ticament, per\u00f2 hi ha moltes opcions disponibles per modificar el mecanisme d\u2019ordenaci\u00f3. Assegura\u2019t de revisar la p\u00e0gina de manual per veure tot el que pot fer<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>uniq<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Elimina les l\u00ednies duplicades successives (usar <code>sort<\/code> abans d&#8217;utilitzar <code>uniq<\/code>)<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>join<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Permet unir dos fitxers de text en un usant una columna com a clau comuna<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<div class=\"tablefooter\"><p>Font: elaboraci\u00f3 pr\u00f2pia.<\/p>\n<\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Quan es treballa amb dades bioinform\u00e0tiques, \u00e9s com\u00fa trobar fitxers de text organitzats en format tabular, la qual cosa implica que la informaci\u00f3 es distribueix en una matriu de files i columnes delimitades per espais o car\u00e0cters tabuladors. Cada l\u00ednia representa un registre, mentre que cada columna cont\u00e9 valors espec\u00edfics dels atributs que el caracteritzen. [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/684"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=684"}],"version-history":[{"count":2,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/684\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":688,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/684\/revisions\/688"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=684"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}