{"id":645,"date":"2023-10-18T10:56:59","date_gmt":"2023-10-18T08:56:59","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=645"},"modified":"2025-04-25T10:54:47","modified_gmt":"2025-04-25T08:54:47","slug":"1-9-1-introduccio","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/1-9-1-introduccio\/","title":{"rendered":"1.9.1. Introducci\u00f3"},"content":{"rendered":"

Un filtre, en el context de la l\u00ednia d\u2019ordres de Gnu\/Linux, \u00e9s un programa que accepta dades textuals i les transforma d\u2019una manera particular. Els filtres s\u00f3n una forma de prendre dades en brut, ja hagin estat produ\u00efdes per un altre programa o emmagatzemats en un arxiu, i manipular-les perqu\u00e8 es mostrin d\u2019una manera m\u00e9s adequada per trobar el que estem buscant. Aquests filtres sovint tenen diverses opcions de l\u00ednia d\u2019ordres que modificaran el seu comportament, per la qual cosa sempre \u00e9s bo consultar la p\u00e0gina del manual d\u2019un filtre per veure quin est\u00e0 disponible.<\/p>\n

En els exemples que es mostren a continuaci\u00f3, proporcionarem entrada en aquestes ordres mitjan\u00e7ant un arxiu, per\u00f2 tamb\u00e9 veurem que podem proporcionar entrada a trav\u00e9s d\u2019altres mitjans que agreguen molta m\u00e9s pot\u00e8ncia (taula 6). A m\u00e9s, recordeu que l\u2019arxiu s\u2019especifica com un path<\/em> i, per tant, podeu fer servir paths<\/em> absoluts i relatius, i tamb\u00e9 comodins. D\u2019altra banda, aquestes eines que estem veient nom\u00e9s serveixen per treballar amb fitxers de text, no binaris.<\/p>\n

Taula 6. Ordres per accedir al fitxer.<\/p>\n<\/div>\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
Ordre<\/strong><\/td>\nDescripci\u00f3<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n
cat<\/code><\/td>\nImprimeix un fitxer al terminal<\/td>\n<\/tr>\n
more<\/code><\/td>\nMostra el resultat de l\u2019execuci\u00f3 d\u2019una ordre al terminal d\u2019una p\u00e0gina alhora<\/td>\n<\/tr>\n
head<\/code><\/td>\n\u00c9s una ordre que imprimeix les primeres deu l\u00ednies de la seva entrada, per\u00f2 podem modificar aix\u00f2 amb un argument de l\u00ednia d\u2019ordre<\/td>\n<\/tr>\n
tail<\/code><\/td>\n\u00c9s una ordre que imprimeix les \u00faltimes deu l\u00ednies de la seva entrada, per\u00f2 podem modificar aix\u00f2 amb un argument de l\u00ednia d\u2019ordre<\/td>\n<\/tr>\n
less<\/code><\/td>\n\u00c9s un visor de fitxers de text. Amb aquest programa no podrem editar el fitxer, per\u00f2 s\u00ed navegar pel seu contingut<\/td>\n<\/tr>\n
nl<\/code><\/td>\nnumber line<\/code><\/em> significa \u2018numerar l\u00ednies\u2019, i aix\u00f2 \u00e9s exactament el que fa l’ordre<\/td>\n<\/tr>\n
wc<\/code><\/td>\nword count<\/code><\/em> significa \u2018comptar paraules\u2019 i fa concretament aix\u00f2 (i tamb\u00e9 compta car\u00e0cters i l\u00ednies). De forma predeterminada, donar\u00e0 un recompte de les tres possibilitats, per\u00f2,\u00a0 usant opcions de l\u00ednia d\u2019ordre, podem limitar-lo al que necessitem<\/td>\n<\/tr>\n
diff<\/code><\/td>\nCompara l\u00ednia a l\u00ednia dos fitxers de text<\/td>\n<\/tr>\n
paste<\/code><\/td>\nUneix fitxers tabulars l\u00ednia per l\u00ednia<\/td>\n<\/tr>\n
od<\/code><\/td>\noctal dump<\/code><\/em> converteix l\u2019entrada en m\u00faltiples formats, amb format octal per defecte, i ajuda a comprendre les dades complexes que no s\u00f3n llegibles per als humans<\/td>\n<\/tr>\n
sed<\/code><\/td>\nstream editor Editor<\/code> de flux. Us permet fer una recerca i reempla\u00e7ament, entre altres accions, en les vostres dades<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Font: elaboraci\u00f3 pr\u00f2pia.<\/p>\n<\/div>\n

En el camp de la bioinform\u00e0tica els arxius s\u00f3n molt grans; fins i tot els editors en l\u00ednia poden generar problemes per obrir-los. Existeixen altres formes d\u2019accedir als continguts del fitxer. Un d\u2019ells seria imprimir el fitxer al terminal utilitzant l\u2019ordre cat<\/code>.<\/p>\n

Recorda que amb Crtl + C els programes s\u2019acaben immediatament i es torna a mostrar el prom<\/em>pt (en catal\u00e0, la l\u00ednia d\u2019ordres).<\/p>\n<\/div>\n

$cat hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
cat<\/code> \u00e9s, a m\u00e9s, capa\u00e7 de concatenar textos un darrere l\u2019altre en l\u2019ordre en qu\u00e8 els passem, i de mostrar-los en pantalla..<\/p>\n
$ cat file1 file2 file3<\/pre>\n
O es pot generar un nou fitxer.<\/p>\n
$ cat seq1 seq2 >> set1-2.txt<\/pre>\n
Algunes opcions interessants de cat<\/code> s\u00f3n:<\/p>\n
    \n
  • -A<\/code>: mostra tamb\u00e9 els car\u00e0cters de control, b\u00e0sicament els tabuladors (com ^I<\/code>) i els retorns de carro ($<\/code>).<\/li>\n
  • -n<\/code>: numera totes les l\u00ednies.<\/li>\n<\/ul>\n
    Per obtenir una visi\u00f3 general del contingut de l\u2019arxiu sense ocupar tot el terminal, es poden imprimir nom\u00e9s les primeres l\u00ednies usant l\u2019ordre head<\/code>:<\/p>\n
    $ head -3 hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
    #bin name chrom strand\u00a0\u00a0\u00a0 txStart\u00a0\u00a0\u00a0 txEnd cdsStart\u00a0\u00a0 cdsEnd\u00a0\u00a0\u00a0 exonCount exonStarts exonEnds\u00a0\u00a0 score name2\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 cdsStartStat\u00a0\u00a0\u00a0 cdsEndStat exonFrames<\/pre>\n
    0\u00a0\u00a0\u00a0 NM_001276352.2\u00a0 chr1 –\u00a0\u00a0\u00a0 67092164\u00a0\u00a0 67134970\u00a0\u00a0 67093579 67127240\u00a0\u00a0\u00a0 9 \u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 67092164,67096251,67103237,67111576,67115351,67125751,67127165,67131141,67134929,\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 67093604,67096321,67103382,67111644,67115464,67125909,67127257,67131227,67134970,<\/p>\n
    0\u00a0\u00a0\u00a0 C1orf141\u00a0\u00a0 cmpl cmpl 2,1,0,1,2,0,0,-1,-1, 0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 NM_001276351.2\u00a0 chr1 –\u00a0\u00a0\u00a0 67092164\u00a0\u00a0 67134970\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 67093004\u00a0\u00a0 67127240\u00a0\u00a0 8\u00a0\u00a0\u00a0 67092164,67095234,67096251,67115351,67125751,67127165,67131141,67134929,\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 67093604,67095421,67096321,67115464,67125909,67127257,67131227,67134970,\u00a0\u00a0 0\u00a0\u00a0\u00a0 C1orf141\u00a0\u00a0 cmpl cmpl\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 0,2,1,2,0,0,-1,-1,<\/p>\n
    Hi ha l\u2019ordre tail<\/code>, i permet imprimir el final dels arxius.<\/p>\n
    $ tail -2 hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
    Un altre comportament de tail<\/code> que resulta \u00fatil \u00e9s que pot mostrar totes les l\u00ednies excepte les k<\/code><\/em> primeres l\u00ednies. Per aix\u00f2 cal fer servir l\u2019opci\u00f3 -n<\/code> i el nombre de l\u00ednies que volem ometre precedit per un +<\/code>. Si es volen ometre les primeres vint-i-dues l\u00ednies, podeu escriure:<\/p>\n
    $ tail -n +22 hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
    Quan es necessita examinar un arxiu de text per familiaritzar-se amb el seu contingut, \u00e9s com\u00fa obrir-lo i navegar-hi. Tanmateix, si l\u2019arxiu \u00e9s molt gran, hi poden haver problemes quan intenteu obrir-lo amb un editor de text.<\/p>\n
    En aquests casos, una eina \u00fatil \u00e9s less<\/code>, un visor d\u2019arxius de text que pot operar arxius immensos sense problemes. Tot i que less<\/code> no permet l\u2019edici\u00f3 de l\u2019arxiu, s\u00ed que ens permet navegar pel seu contingut de manera interactiva. Quan executeu less<\/em>, el programa s\u2019obrir\u00e0 en el terminal i far\u00e0 que el prompt<\/em> desaparegui temporalment. Podrem sortir del programa en qualsevol moment pressionant la tecla q<\/em>.<\/p>\n
    $ less hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
    Dins de less<\/code> disposem de diverses ordres per moure\u2019ns pel fitxer:<\/p>\n
      \n
    • Barra d\u2019espai: p\u00e0gina seg\u00fcent.<\/li>\n
    • b: p\u00e0gina anterior.<\/li>\n
    • 100g: va a la l\u00ednia 100 (o a la que li indiquem).<\/li>\n
    • -S: talla o no talla les l\u00ednies llargues.<\/li>\n
    • \/paraula: busca la cadena de text que li indiquem (accepta expressions regulars).<\/li>\n
    • n: va a la seg\u00fcent paraula que coincideix amb la recerca.<\/li>\n
    • N: va a la paraula anterior que coincideix amb la recerca.<\/li>\n
    • q: surt del fitxer.<\/li>\n
    • h: ajuda.<\/li>\n<\/ul>\n
      L\u2019ordre wc<\/code> significa ‘comptatge de paraules’, i aix\u00f2 \u00e9s el que fa (aix\u00ed com comptar car\u00e0cters i l\u00ednies). Per defecte, ens donar\u00e0 un recompte de totes tres coses, per\u00f2 fent servir opcions de l\u00ednia d\u2019ordre, es pot limitar all\u00f2 que es busca. De vegades nom\u00e9s volem un d\u2019aquests valors. Per exemple, \u00ab-l<\/code>\u00bb ens donar\u00e0 nom\u00e9s les l\u00ednies, \u00ab-w<\/code>\u00bb ens donar\u00e0 les paraules i \u00ab-m<\/code>\u00bb ens donar\u00e0 els car\u00e0cters.<\/p>\n
      $ wc hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
      172767\u00a0 2764272 56256545 hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
      $ wc -l hg38_RefSeq.txt\r\n<\/pre>\n
      172767 hg38_RefSeq.txt<\/pre>\n
      La segona ordre imprimeix per pantalla nom\u00e9s un recompte de l\u00ednies, per\u00f2 la primera ordre ens informa del nombre de l\u00ednies, paraules i car\u00e0cters que t\u00e9 el fitxer.<\/p>\n
      L\u2019ordre diff<\/code> permet dur a terme la comparaci\u00f3 l\u00ednia a l\u00ednia de dos fitxers de text. \u00d2bviament, hi ha formes m\u00e9s sofisticades de comparar arxius. Tanmateix, aquesta funci\u00f3 \u00e9s extremadament \u00fatil per confirmar quan dos fitxers no s\u00f3n id\u00e8ntics (una de les operacions m\u00e9s comunes en bioinform\u00e0tica).<\/p>\n
      $ diff file1.txt file2.txt<\/pre>\n
      Finalment, es comenta la comanda paste<\/code>. Suposem que tenim dos fitxers, un amb dades sobre la progressi\u00f3 de la malaltia d’una s\u00e8rie de malalts i un altre amb el seu genotipat:<\/p>\n
      $ cat pacients.txt<\/pre>\n
      id_pacient,nivell_glucosa<\/pre>\n
      1,190<\/p>\n
      2,250<\/p>\n
      3,220<\/p>\n
      4,260<\/p>\n
      5,160<\/p>\n
      $ cat genotipat.txt<\/pre>\n
      id_pacient,SNP_a,SNP_b\r\n1,AA,CC\r\n2,AC,GG\r\n3,AA,CG\r\n4,AT,GG\r\n5,AA,CC<\/pre>\n
      Es poden fusionar els dos arxius usant l\u2019ordre paste<\/code> l\u00ednia a l\u00ednia:<\/p>\n
      $ paste -d',' pacients.txt genotipat.txt<\/pre>\n
      id_pacient,nivell_colesterol,id_pacient,SNP_a,SNP_b<\/pre>\n
      1,190,1,AA,CC<\/p>\n
      2,250,2,AC,GG<\/p>\n
      3,220,3,AA,CG<\/p>\n
      4,260,4,AT,GG<\/p>\n
      5,160,5,AA,CC<\/p>\n
       <\/p>\n
      La quantitat d\u2019informaci\u00f3 emmagatzemada en qualsevol entorn bioinform\u00e0tic \u00e9s considerable, i sovint ocupa diversos terabytes. Per exemple, la seq\u00fc\u00e8ncia del genoma hum\u00e0 est\u00e0 composta per al voltant de tres mil milions de nucle\u00f2tids, cosa que es tradueix en aproximadament tres gigabytes. Aix\u00f2 implica que sovint cal comprimir directoris sencers. La instrucci\u00f3 tar<\/code> pot crear un paquet \u00fanic a partir del directori, que posteriorment pot ser comprimit amb gzip<\/code>. La taula 7 descriu les ordres per comprimir\/descomprimir m\u00e9s habituals:<\/p>\n
      Taula 7. Ordres per accedir als fitxers.<\/p>\n<\/div>\n\n\n\n\n\n\n\n
      Ordre<\/strong><\/td>\nDescripci\u00f3<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n
      tar<\/code><\/td>\nEmpaquetar m\u00faltiples arxius i directoris<\/td>\n<\/tr>\n
      gzip<\/code><\/td>\nComprimir i descomprimir arxius<\/td>\n<\/tr>\n
      zmore<\/code><\/td>\nDescomprimir i visualitzar un arxiu<\/td>\n<\/tr>\n
      zcat<\/code><\/td>\nDescomprimir i bolcar un arxiu<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
      Font: elaboraci\u00f3 pr\u00f2pia.<\/p>\n<\/div>\n
      Un exemple amb tar<\/code>:<\/p>\n
      $ tar -cvf backup.tar \/home\/student<\/pre>\n
      \n<\/div>\n
      En l\u2019exemple anterior de tar<\/code>, les opcions indiquen que es crea (c<\/em>) un arxiu (f<\/em>) anomenat backup.tar<\/em> que inclou tots els continguts del directori \/home\/student i els seus subdirectoris, i que es mostrin missatges detallats mentre es crea la c\u00f2pia de seguretat (v<\/em>). At\u00e8s que backup.tar \u00e9s un argument de l\u2019opci\u00f3 f<\/em>, backup.tar ha de seguir immediatament a l\u2019opci\u00f3. Altres opcions s\u00f3n:<\/p>\n
      $ tar -xvf backup.tar<\/pre>\n
      # La nova opci\u00f3 (x) indica que es desempaqueta el fitxer backup.<\/p>\n
      $ tar -czvf backup.tar.gz \/home\/student<\/pre>\n
      # L\u2019opci\u00f3 (z) indica que despr\u00e9s que es cre\u00ef el fitxer es comprimeixi.<\/p>\n
      $ tar -xzvf backup.tar.gz<\/pre>\n
      Aquesta combinaci\u00f3 d\u2019opcions indica que el fitxer es descomprimeix i es desempaqueta.<\/p>\n
      Les ordres more<\/code> i cat<\/code> posseeixen una versi\u00f3 especial que integra l\u2019ordre gzip<\/code> com un filtre addicional. Com a resultat, podem visualitzar directament al terminal un fitxer comprimit:<\/p>\n
      $ gzip NANOGgene.fa<\/pre>\n
      $ zmore NANOGgene.fa.gz | head -5<\/pre>\n
      >hg19_refGene_NM_024865 range=chr12:7941992-7948657\r\nTTCATTATAAATCTAGAGACTCCAGGATTTTAACGTTCTGCTGGACTGAG\r\nCTGGTTGCCTCATGTTATTATGCAGGCAACTCACTTTATCCCAATTTCTT\r\nGATACTTTTCCTTCTGGAGGTCCTATTTCTCTAACATCTTCCAGAAAAGT\r\nCTTAAAGCTGCCTTAACCTTTTTTCCAGTCCACCTCTTAAATTTTTTCCT<\/pre>\n
      $ zcat NANOGgene.fa.gz | tail -3<\/pre>\n
      GTTGGTTTAAGTTCAAATGAATGAAACAACTATTTTTCCTTTAGTTGATT\r\nTTACCCTGATTTCACCGAGTGTTTCAATGAGTAAATATACAGCTTAAACA\r\nTAA<\/pre>\n
      $ gzip -d NANOGgene.fa.gz\r\n<\/pre>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
      Un filtre, en el context de la l\u00ednia d\u2019ordres de Gnu\/Linux, \u00e9s un programa que accepta dades textuals i les transforma d\u2019una manera particular. Els filtres s\u00f3n una forma de prendre dades en brut, ja hagin estat produ\u00efdes per un altre programa o emmagatzemats en un arxiu, i manipular-les perqu\u00e8 es mostrin d\u2019una manera m\u00e9s […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/645"}],"collection":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=645"}],"version-history":[{"count":17,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/645\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1355,"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/645\/revisions\/1355"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=645"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}