{"id":369,"date":"2023-09-01T11:36:56","date_gmt":"2023-09-01T09:36:56","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=369"},"modified":"2025-03-07T18:17:33","modified_gmt":"2025-03-07T16:17:33","slug":"actividades","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/es\/actividades\/","title":{"rendered":"Actividades"},"content":{"rendered":"
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  1. Realizad la instalaci\u00f3n de la versi\u00f3n m\u00e1s reciente de Ubuntu MATE dentro de una m\u00e1quina virtual de Oracle VirtualBox. Para ello, primero deb\u00e9is obtener una imagen ISO de Ubuntu MATE. Posteriormente, es necesario crear una m\u00e1quina virtual vac\u00eda, insertar la imagen ISO de Ubuntu y ejecutar la instalaci\u00f3n. Pod\u00e9is emplear un administrador de la gesti\u00f3n de paquetes de software para configurar el sistema final resultante.<\/li>\n
  2. Averiguad las funciones que realiza el comando fold<\/code> del terminal. Analizar las opciones disponibles para este comando. Despu\u00e9s, dise\u00f1ad un peque\u00f1o script <\/em>que combine gawk<\/em> con el comando fold<\/code> para calcular la frecuencia de aparici\u00f3n absoluta y relativa de cada clase de nucle\u00f3tido en una secuencia gen\u00f3mica almacenada en un fichero de texto guardado en formato FASTA. Evaluad el funcionamiento de vuestro protocolo sobre varias secuencias de ADN.<\/li>\n
  3. Averiguad las funciones realizadas por Bioawk<\/em>. Determinad cu\u00e1l es el comando origen de esta extensi\u00f3n, los formatos de datos biol\u00f3gicos que soporta y si es posible trabajar con ficheros comprimidos con gzip<\/em> o con otros comandos compresores.<\/li>\n
  4. Estudiad el comando sedl<\/code>. Para probar su eficacia, grabad una hoja de estilo de MicrosoftExcel <\/em>en formato texto (seleccionar el tabulador como separador de campos). Una vez en Gnu\/Linux, verificad con el comando od<\/code> que este formato propietario efectivamente introduce como salto de l\u00ednea los caracteres \\r<\/code> y \\n<\/code>. Finalmente, emplead el comando sed<\/em> para \u00fanicamente mantener el car\u00e1cter \\n<\/code> (el terminal trabaja en este formato).<\/li>\n
  5. Dise\u00f1ad un script <\/em>en el terminal que os permita realizar el an\u00e1lisis completo de una serie de ficheros de la clase refGene_human.txt<\/code> almacenados en un directorio. Cada fichero debe contener en su propio nombre el organismo al que pertenece para evitar nombres de ficheros duplicados (p.e. txt). Para cada genoma podemos realizar las mismas preguntas mostradas en el caso de estudio de los materiales te\u00f3ricos.<\/li>\n
  6. A continuaci\u00f3n, suministramos un archivo FASTA y deb\u00e9is contestar a las siguientes preguntas. El separador entre las dos columnas es el \\t<\/code><\/li>\n<\/ol>\n
    $ cat hib.fasta<\/pre>\n
    HiB_C1\u00a0\u00a0\u00a0 TGTTTGTTGTCACTGACTGATGTTGTGGTCTGG\r\n\r\nHiB_C2\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATTACTT\r\n\r\nHiB_C3\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATAACTTATA\r\n\r\nHiB_C4\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATAACTTATA\r\n\r\nHiB_C5\u00a0\u00a0\u00a0 TATATATTACTT<\/pre>\n