{"id":362,"date":"2023-09-01T11:15:41","date_gmt":"2023-09-01T09:15:41","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=362"},"modified":"2025-03-07T18:15:30","modified_gmt":"2025-03-07T16:15:30","slug":"1-17-4-descarga-de-las-herramientas-de-ucsc","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/es\/1-17-4-descarga-de-las-herramientas-de-ucsc\/","title":{"rendered":"1.17.4. Descarga de las herramientas de UCSC"},"content":{"rendered":"

El navegador gen\u00f3mico de UCSC ofrece de manera gratuita las secuencias de los genomas de m\u00faltiples especies y las pistas de anotaciones asociadas a cada versi\u00f3n. Adem\u00e1s, este portal web tambi\u00e9n proporciona acceso libre a un conjunto de herramientas dise\u00f1adas espec\u00edficamente para analizar los datos gen\u00f3micos. Estos programas funcionan en l\u00ednea de comandos y se distribuyen listos para funcionar en varias plataformas de la familia UNIX. Para mostrar el funcionamiento del comando rsync<\/code> en la descarga de un directorio web completo, tendr\u00e9is que obtener una copia completa de las utilidades de UCSC. En la tabla 20 se detallan los accesos a las direcciones de descarga.<\/p>\n

Tabla 20. Acceso a las direcciones de descarga de utilidades de UCSC.<\/p>\n<\/div>\n\n\n\n\n\n
Acceso<\/td>\nDirecci\u00f3n<\/td>\n<\/tr>\n
P\u00e1gina informaci\u00f3n<\/td>\nhttps:\/\/hgdownload.soe.ucsc.edu\/downloads.html#utilities_downloads<\/a><\/td>\n<\/tr>\n
P\u00e1gina descarga utilities<\/em><\/td>\nhttps:\/\/hgdownload.soe.ucsc.edu\/admin\/exe\/linux.x86_64\/<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Fuente: elaboraci\u00f3n propia.<\/p>\n<\/div>\n

Para ello se accede nuevamente a la p\u00e1gina de descargas del navegador. Una vez all\u00ed, busca la secci\u00f3n Utility Tools and Software downloads<\/em> (en castellano, Herramientas de utilidad y descargas de <\/em>software). En esta secci\u00f3n explican como descargarlo.<\/p>\n

Para descargar todas las utilidades de l\u00ednea de comandos en un directorio con los bits<\/em> de permisos correctos, utiliza el siguiente comando:<\/p>\n

$\u00a0pwd<\/pre>\n
\/home\/student<\/pre>\n
$\u00a0mkdir\u00a0UCSC-utilities<\/pre>\n
$\u00a0cd\u00a0UCSC-utilities<\/pre>\n
$ rsync -aP hgdownload.soe.ucsc.edu::genome\/admin\/exe\/linux.x86_64\/ .\/<\/pre>\n
Despu\u00e9s de m\u00e1s de 5 minutos se habr\u00e1 descargado el 5 % de las utilidades. Este proceso es lento y nos damos cuenta de que va a ocupar mucho espacio, m\u00e1s espacio del que hay libre en el disco duro de nuestro ordenador. Mata el proceso apretando las teclas Ctrl + X y se parar\u00e1 la descarga. Es una prueba para ver que funciona el comando rsync<\/code>. Borra todo lo que has generado.<\/p>\n
$\u00a0cd\u00a0..<\/pre>\n
$\u00a0pwd<\/pre>\n
\/home\/student<\/pre>\n
$ rm -r UCSC-utilities<\/pre>\n
Otra opci\u00f3n es descargar \u00fanicamente las utilidades que se quieran utilizar, por ejemplo, se descarga la utilidad liftOver<\/em>.<\/p>\n
$\u00a0pwd<\/pre>\n
\/home\/student<\/pre>\n
$\u00a0wget\u00a0https:\/\/hgdownload.cse.ucsc.edu\/admin\/exe\/linux.x86_64\/liftOver<\/pre>\n
$\u00a0chmod\u00a0+x\u00a0\/home\/student\/liftover\/liftOver<\/pre>\n
#\u00a0Ejecuta\u00a0el\u00a0programa\u00a0sin\u00a0argumentos\u00a0para\u00a0ver\u00a0un\u00a0mensaje\u00a0de\u00a0uso<\/pre>\n
$\u00a0cd\u00a0liftOver<\/pre>\n
$ . \/liftOver<\/pre>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
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