{"id":213,"date":"2023-08-31T11:59:29","date_gmt":"2023-08-31T09:59:29","guid":{"rendered":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/?page_id=213"},"modified":"2023-08-31T19:18:11","modified_gmt":"2023-08-31T17:18:11","slug":"1-11-1-introduccion","status":"publish","type":"page","link":"http:\/\/eines-informatiques.recursos.uoc.edu\/introduccion-a-los-entornos-de-trabajo-gnu-linux\/es\/1-11-1-introduccion\/","title":{"rendered":"1.11.1. Introducci\u00f3n"},"content":{"rendered":"<p>Cuando se trabaja con datos bioinform\u00e1ticos, es com\u00fan encontrar ficheros de texto organizados en formato tabular, lo que implica que la informaci\u00f3n se distribuye en una matriz de filas y columnas delimitadas por espacios o caracteres tabuladores. Cada l\u00ednea representa un registro, mientras que cada columna contiene valores espec\u00edficos de los atributos que lo caracterizan. Esta estructura de campos facilita la realizaci\u00f3n de c\u00e1lculos sistem\u00e1ticos sobre el contenido del fichero en cuesti\u00f3n.<\/p>\n<p>Generalmente, al trabajar con ficheros tabulados en el an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico, se adopta como unidad elemental de trabajo la l\u00ednea o registro. Bajo este paradigma, se pueden realizar varios tipos de operaciones, como buscar y separar del fichero las l\u00edneas que contienen un patr\u00f3n de texto determinado, alterar el orden de las l\u00edneas seg\u00fan los valores de alguno de los atributos o filtrar registros duplicados. En ciertas circunstancias, incluso es posible identificar aquellos registros de dos ficheros de texto distintos que poseen el mismo valor para un determinado atributo.<\/p>\n<p>Estas operaciones aplicadas sobre los ficheros de anotaciones son \u00fatiles en el an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico para llevar a cabo f\u00e1cilmente el recuento de diferentes caracter\u00edsticas biol\u00f3gicas, como los genes codificados en el interior de los genomas. En la tabla 9 de se describen los comandos m\u00e1s \u00fatiles para buscar y ordenar ficheros, as\u00ed como asociarse entre ellos.<\/p>\n<div class=\"tabletitle\"><p>Tabla 9. Descripci\u00f3n de comandos.<\/p>\n<\/div>\n<table>\n<tbody>\n<tr class=\"table-header\">\n<td width=\"102\"><strong>Comando<\/strong><\/td>\n<td width=\"500\"><strong>Descripci\u00f3n<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>grep<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Busca l\u00edneas que coincidan con una expresi\u00f3n regular<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>cut<\/code><\/td>\n<td width=\"500\"><code>cut<\/code> es un programa \u00fatil si el contenido est\u00e1 separado en campos (columnas) y solo se desea obtener ciertos campos<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>sort<\/code><\/td>\n<td width=\"500\"><code>sort<\/code> ordenar\u00e1 su entrada, de manera simple y sencilla. Por defecto, ordenar\u00e1 alfab\u00e9ticamente, pero existen muchas opciones disponibles para modificar el mecanismo de ordenamiento. Aseg\u00farate de revisar la p\u00e1gina de manual para ver todo lo que puede hacer<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>uniq<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Elimina las l\u00edneas duplicadas sucesivas (usar <code>sort<\/code> antes de utilizar <code>uniq<\/code>)<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"102\"><code>join<\/code><\/td>\n<td width=\"500\">Permite unir dos ficheros de texto en uno usando una columna como clave com\u00fan<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<div class=\"tablefooter\"><p>Fuente: elaboraci\u00f3n propia.<\/p>\n<\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Cuando se trabaja con datos bioinform\u00e1ticos, es com\u00fan encontrar ficheros de texto organizados en formato tabular, lo que implica que la informaci\u00f3n se distribuye en una matriz de filas y columnas delimitadas por espacios o caracteres tabuladores. 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