1. Introducción a los entornos de trabajo UNIX

1.17. Ejemplo práctico 1: Analizando el genoma humano

1.17.4. Descarga de las herramientas de UCSC

El navegador genómico de UCSC ofrece de manera gratuita las secuencias de los genomas de múltiples especies y las pistas de anotaciones asociadas a cada versión. Además, este portal web también proporciona acceso libre a un conjunto de herramientas diseñadas específicamente para analizar los datos genómicos. Estos programas funcionan en línea de comandos y se distribuyen listos para funcionar en varias plataformas de la familia UNIX. Para mostrar el funcionamiento del comando rsync en la descarga de un directorio web completo, tendréis que obtener una copia completa de las utilidades de UCSC. En la tabla 20 se detallan los accesos a las direcciones de descarga.

Tabla 20. Acceso a las direcciones de descarga de utilidades de UCSC.

Acceso Dirección
Página información https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#utilities_downloads
Página descarga utilities https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

Fuente: elaboración propia.

Para ello se accede nuevamente a la página de descargas del navegador. Una vez allí, busca la sección Utility Tools and Software downloads (en castellano, Herramientas de utilidad y descargas de software). En esta sección explican como descargarlo.

Para descargar todas las utilidades de línea de comandos en un directorio con los bits de permisos correctos, utiliza el siguiente comando:

$ pwd
/home/student
$ mkdir UCSC-utilities
$ cd UCSC-utilities
$ rsync -aP hgdownload.soe.ucsc.edu::genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./

Después de más de 5 minutos se habrá descargado el 5 % de las utilidades. Este proceso es lento y nos damos cuenta de que va a ocupar mucho espacio, más espacio del que hay libre en el disco duro de nuestro ordenador. Mata el proceso apretando las teclas Ctrl + X y se parará la descarga. Es una prueba para ver que funciona el comando rsync. Borra todo lo que has generado.

$ cd ..
$ pwd
/home/student

 

$ rm -r UCSC-utilities

Otra opción es descargar únicamente las utilidades que se quieran utilizar, por ejemplo, se descarga la utilidad liftOver.

$ pwd
/home/student
$ wget https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
$ chmod +x /home/student/liftover/liftOver
# Ejecuta el programa sin argumentos para ver un mensaje de uso
$ cd liftOver
$ . /liftOver