1.17. Exemple pràctic 1: Analitzant el genoma humà
1.17.4. Descàrrega de les eines d’UCSC
El navegador genòmic d’UCSC ofereix de manera gratuïta les seqüències dels genomes de múltiples espècies i les pistes d’anotacions associades a cada versió. A més, aquest portal web també proporciona accés lliure a un conjunt d’eines dissenyades específicament per analitzar les dades genòmiques. Aquests programes funcionen en línia d’ordres i es distribueixen llestos per funcionar en diverses plataformes de la família UNIX. Per mostrar el funcionament de l’ordre rsync en la descàrrega d’un directori web complet, haureu d’obtenir una còpia completa de les utilitats d’UCSC. A la taula 20 es detallen els accessos a les adreces de descàrrega.
Taula 20. Accés a les adreces de descàrrega d’utilitats d’UCSC.
| Accés | Direcció |
| Pàgina informació | https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#utilities_downloads |
| Pàgina descarrega utilities | https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ |
Per a això s’accedeix novament a la pàgina de descàrregues del navegador. Un cop allà, busca la secció Utility Tools and Software downloads (en català, Eines d’utilitat i descàrregues de software). En aquesta secció expliquen com descarregar-lo.
Per descarregar totes les utilitats de línia d’ordres en un directori amb els bits de permisos correctes, utilitza l’ordre següent:
$ pwd
/home/student
$ mkdir UCSC-utilities
$ cd UCSC-utilities
$ rsync -aP hgdownload.soe.ucsc.edu::genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./
Després de més de 5 minuts s’haurà descarregat el 5 % de les utilitats. Aquest procés és lent i ens adonem que ha d’ocupar molt espai, més espai del que hi ha lliure en el disc dur del nostre ordinador. Mata el procés prement les tecles Ctrl + X i es pararà la descàrrega. És una prova per veure que funciona l’ordre rsync. Esborra tot el que has generat.
$ cd ..
$ pwd
/home/student
$ rm -r UCSC-utilities
Una altra opció és descarregar únicament les utilitats que es vulguin utilitzar, per exemple, es descarrega la utilitat liftOver.
$ pwd
/home/student
$ wget https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
$ chmod +x /home/student/liftover/liftOver
# Executa el programa sense arguments per veure un missatge d’ús
$ cd liftOver
$ . /liftOver