2. Docker

2.6. Buscar contenidors a Docker Hub

Un recurs que ja hem utilitzat per al contenidor «hello-world» és Docker Hub. En aquest repositori podem trobar molts contenidors ja creats. Molts d’ells ja han estat construïts i testats pels mateixos desenvolupadors del software que està buscant. Com a exemple anirem a la pàgina del variant caller GATK (https://hub.docker.com/r/broadinstitute/gatk). Aquí trobareu les instruccions per poder-vos-el descarregar. Si en voleu una versió determinada, en baixar la imatge necessiteu especificar-la. Per a això s’utilitzen els tags igual que com vam veure en l’apartat de Conda. A la pàgina de GATK teniu una pestanya on teniu les diferents versions indicades per tags.

Per indicar quina versió volem utilitzar ho indicarem amb els «:»:

$ docker image pull broadinstitute/gatk:4.4.0.0

Si no especifiquem la versió, es baixarà la imatge més recent denominada latest.

Com podeu apreciar en l’ordre pull que hem utilitzat per baixar GATK davant del nom de gatk, tenim el nom de la institució que l’ha creat i l’ha fet públic. En aquest cas, el Broad Institute. Si aquest nom previ no apareix, indica que els desenvolupadors són el mateix equip de Docker.

És important tenir en compte que qualsevol persona pot crear un compte a Docker Hub i, per tant, és important ser prudent quan descarreguem software de fonts no contrastades. Haureu de procurar baixar imatges directament dels desenvolupadors o de comunitats establertes. Docker manté una sèrie d’imatges referenciades com Docker Official Images, les quals han estat analitzades i proporcionen repositoris bàsics per a la comunitat, com ara Ubuntu o Centos.

Una altra opció per buscar imatges és l’ordre search. En aquest cas, quan utilitzem

$ docker search GATK

obtenim un llistat d’imatges on trobaríem repositoris amb GATK (figura 5).

Figura 5. Output de la recerca d’imatges que continguin GATK.
Font: elaboració pròpia.