En els últims anys hem assistit a una revolució tecnològica sense parangó. Amb l’aparició de les primeres computadores, la incessant miniaturització dels seus components i la connexió global d’aquestes mitjançant una xarxa universal, els éssers humans hem construït una visió radicalment nova del món que ens envolta. Actualment és difícil concebre la recerca en qualsevol àrea de coneixement sense el concurs de la informàtica. La biologia molecular no n’és una excepció. Potser no som conscients de l’envergadura del salt conceptual experimentat en aquest camp. Arran del descobriment, a mitjan segle passat, de l’estructura de la molècula d’ADN i de l’obtenció de la seva seqüència a l’inici del segle actual, comencem a estar en condicions d’abordar sincerament el problema de la constitució de la vida mateixa. Ara gaudim de l’inigualable avantatge de conèixer, per a nombroses espècies, el catàleg de gens i proteïnes que governen la majoria de les respostes cel·lulars durant el seu desenvolupament o en resposta a les condicions canviants del nostre entorn.
Mentre la millora de la seqüenciació massiva permet reconstruir la cartografia dels genomes, la potenciació de les telecomunicacions ofereix un entorn ideal per posar aquestes dades a disposició de la comunitat científica. No obstant això, tota aquesta fantàstica amalgama d’informacions ha de ser gestionada de manera eficient. Evidentment, la bioinformàtica té un paper crucial en la realització rutinària d’aquest tipus d’anàlisi en qualsevol laboratori de genètica. Per tant, és fonamental formar nou personal investigador en les tècniques bioinformàtiques bàsiques amb l’objectiu que adquireixin el vocabulari específic d’aquest camp, s’agilitin les seves futures col·laboracions científiques amb especialistes d’aquesta disciplina i comprenguin l’abast d’aquesta tecnologia per integrar-la dins dels seus propis projectes de recerca.
Aquest mòdul se centra en les aplicacions computacionals més utilitzades pels bioinformàtics per processar informació genòmica. La família de sistemes operatius Gnu/Linux és la plataforma habitual en aquest tipus de laboratoris. En primer lloc, es presentaran conceptes bàsics relacionats amb els sistemes operatius. A continuació, s’abordarà el maneig del terminal de Gnu/Linux, una eina de treball fonamental per als bioinformàtics. S’aprendran els comandaments bàsics i com combinar-los per generar comandaments més potents, creant així protocols complets de treball. Finalment, s’explicarà com obtenir fàcilment còpies de grans conjunts de dades biològiques de referència, per poder analitzar-les localment als nostres ordinadors de manera senzilla. En resum, aquest mòdul us permetrà dominar els elements bàsics necessaris per integrar-se sense dificultats en qualsevol entorn de recerca bioinformàtica.
Codi o comanda d’exemple:
#! /bin/bash set var = 1 cut -d. -f1-2 example
Sortida:
2.test 3.test 4.test